基于南京大学生态学科与湿地领域的国际地位和常熟市生态建设与湿地保护的优良传统，2012年9月29日，南京大学与常熟市人民政府正式签署协议，成立了我国一家校地共建的生态研究院——南京大学常熟生态研究院。2018年12月28日，南京大学成立自然资源研究院，南京大学湿地与滩涂研究中心成为其首批六个中心之一。2019年8月，研究院完成第二轮融资。
研究院实行企业化管理模式，由南京大学科技园有限公司与常熟虞山尚湖开发建设有限责任公司共同组建；2012 年12 月26日，南大（常熟）研究院有限公司在常熟市正式注册，成为了我国企业化运营的生态研究院。研究院建筑面积3100平方米，实验室面积4800平方米，现场展示中心2300平方米，野外小试基地面积50.25亩（33500平方米），野外中试试验基地300亩，工程示范基地6000 亩。
研究院以“奋勇争先，百折不挠”，“博观而约取，厚积而薄发”为主旨；通过引进高端人才，发展国际合作，建设优质平台，努力成为我国湿地修复与生态建设的先导者；实现“创新、引领、孵化、践行”的战略定位。
以扎根常熟，总结“常熟模式”为基础；“立足常熟，服务全国，走向世界”为目标；建设集技术研发、成果转化、产业孵化、人才培养及其一体化服务的国内一流、国际上具有重要影响力的产学研创新载体，为区域生态文明建设出思想、出战略、出技术、出产品、出产值。
研究院研发生态产业领域关键技术，打造包含技术咨询服务、修复技术工程、生态物理产品的完整生态产业链，探索生态企业规范和标准、运行模式与机制、产值聚集和经济特点等前瞻与创新技术，满足生态社会发展需求。
研究院未来五年内的发展规划分为三个方面：湿地修复与水环境治理方面，大力推广整装成套的技术实践，为全国湿地红线保护与水十条实施做技术支持；土壤修复与精准生态设施农业建设方面，以快速，高效，稳定的可持续修复手段应对土壤污染的挑战,创新精准生态设施农业技术，提升农业生产水平；生态产品与产业发展方面，通过新技术、新设备、新材料、新产品等方面的研发工作，使研究院逐步掌握具有高效的经济过程及和谐的生态功能的新型产业链。
研究院现有工作人员100人，其中，正高级5人，副高级6人，高级工程师5人，工程师22人；海鸥计划1人，科技副总2人，紧缺人才7人；博士22人，硕士39人，本科27人，分别来自南京大学、瑞典乌普萨拉大学、荷兰莱顿大学、中国科学院、厦门大学、东南大学、河海大学、同济大学、南京农业大学、国矿业大学、中国美术学院、南京林业大学、苏州大学等著名高校和研究机构。
公司自成立以来聘请了国内外技术顾12 人，包括来自国际湿地公约秘书处副秘书长Ania Grobicki 博士（南非），国际生态学协会湿地工作组联合主席Jos Tomas Antonius Verhoeven 教授（荷兰）、Jennifer Ann Davis 教授（澳大利亚），野禽与湿地基金会保护项目主任James Robinson 博士（英国），生态咨询公司董事长兼首席生态学家Kevin Erwin先生（美国），Rekel/water 水处理公司董事长Ruud Kampf博士（荷兰）等，拥有强大的国外技术支持，为引进国外先进技术创造良好条件。
2016年9月，国际生态学协会湿地工作委员会（INTECOL-WWG）授予南京大学教授、研究院院长安树青博士“杰出湿地科学家”奖,成为百年来亚洲获此殊荣的人。第十届国际湿地大会期间，研究院两位员工获得了“杰出汇报奖”。
目前，研究院已通过ISO三体系认证、3A信用体系认证，成为国家高新技术企业、国家湿地修复长期科研基地、国家自然教育学校（基地）、全国林草科普基地、中国科学院上海高等研究院联合研究中心、水处理与水环境修复教育部工程研究中心、南京大学国家双创示范基地（常熟基地）、江苏省外国专家工作室、江苏省新型研发机构、江苏省湿地修复工程实验室、江苏省博士后创新实践基地、江苏省企业研究生工作站、江苏省农业科技型企业、苏州市优秀产学研创新载体、苏州市服务业创新型示范企业、苏州市产学研合作示范载体。拥有江苏省环境污染治理工程设计能力甲级资质、江苏省环境污染治理能力甲级资质、国家林业调查规划设计资质、国家旅游规划设计资质、建筑装修装饰工程专业承包资质。
研究院还在国家水专办支持下，牵头成立了水生态产业联盟，为恢复淮河流域与长江中下游健康水生态系统，及其生态水系和生态流域建设提供基础；为“十三五”全流域开展水生态修复进行技术储备。
为增强国内外湿地领域的交流合作，研究院与常熟市人民政府通力合作，于2016年9月19至24日在中国常熟成功举办了2016第十届国际湿地大会，该大会四年一次，是国际生态学协会组织的重要系列会议之一。此次会议在业内外产生了积极的社会影响；为地方创建了“湿地品牌”，为学校创建了“生态品牌”，更为我国的湿地事业争得了国际荣誉。大会有来自10余个国际机构、72个国家和地区的约1500位代表参会，其中国外嘉宾300多人。大会吸引了包括中央电视台、人民日报、科技部、环保部在内的50余家国内媒体以及RAMSAR、SWS、INTECOL等国际机构进行宣传报道。大会期间通过了《湿地常熟宣言》，是国际湿地大会有史以来首次以“宣言”形式发布共识，具有历史性意义。
通过数年的不断奋斗和提升，研究院的社会服务已遍布全国，规划、设计与恢复湿地面积超4500平方公里，占全国湿地面积的0.8％。服务项目包括八大类：咨询规划：湿地公园总体规划、湿地公园详细规划、科普宣教规划、湿地城市规划；设计工程：湿地恢复、水生态恢复、河湖治理、人工湿地、水污染控制；监测管理：区域水土监测、湿地智慧监测、湿地管理计划、湿地生态管理、生物多样性调查；合理利用：湿地有机农业、湿地生态旅游、湿地研学培训、湿地土壤修复；材料设备：植物有机覆盖物、环保材料设备、生物工具种、无动力设施；湿地管家：湿地公园、尾水湿地、功能湿地、科普宣教；生态评估：生态资产、生态损害、大型工程生态专项；污染场地：污染场地调查、污染场地评价、污染场地修复。
研究院拥有多元化的技术优势，致力于打造一系列生态品牌。
研究院安树青院长主持了淮河流域水生态修复关键技术研究与示范、太湖流域水生态功能分区及差异化管理等7个水体污染控制与治理国家重大专项课题和围填海对湿地生态服务功能影响评估和资源可持续利用等5个国家重大研究计划课题，对我国的水污染控制、湿地保护恢复和流域环境治理做出了重要示范和杰出贡献。
研究院研发了一系列的生态环保技术，目前拥有国际专利4项，PCT专利4 项，国家技术发明专利近50余项；拥有包括国际专利、核心工艺包在内的近百项自主核心技术。例如：
核心工艺：强化- 耦联- 侧渗- 削减的河流梯级净化工艺、沉淀- 曝气- 表流- 潜流- 稳定塘尾水强化处理工艺、WH 活水链工艺、生物工具种快速规模扩繁建群工艺、健康水生态系统构建工艺、农村生活污水净化达标工艺、多级人工湿地耦联净化工艺、污水生态渗滤净化工艺等20余个。
先进模式：“强、净、修、美”梯级序列小流域治理模式、“诊、稳、分、管”河流治理模式、“截、修、优、控” 湖泊治理模式、基于湿地城市认证的区域湿地五级保护模式等10余个。
整体方案：湿地公园建设整体解决方案、小流域水治理整体解决方案、尾水深度净化整体解决方案、湿地修复工程整体解决方案、河流污染治理整体解决方案等近10个。
标准规范指南：小微湿地保护管理国家标准、小微湿地认定行业标准、小微湿地恢复行业规范、小微湿地保护管理国际指南、沉水植物种苗工厂化规模扩繁技术规程、受损河流生态修复技术导则等。
研究院与南京大学合作产出的“河流生态修复技术”与“人工湿地污水处理技术”作为国家重大水专项“山水林田湖流域综合治理”沙盘与实物模型的重要板块，与水专项其他6项成果一起参加了2016年6月在北京举行的国家“十二五”科技创新成就展，接受了国家领导人、创新大会专家与社会各界人士的检阅，并得到了高度评价。
研究院致力于品牌战略的打造，充分发挥技术来源深厚、创新研发能力强等技术优势，持续创新实践，以打造“南大生态”与“南大科犁生态”的响亮品牌。
研究院致力于总结“湿地常熟模式”、强化全国服务、步入国际舞台；发展生态产业、进行全产业机制管理运营模式的研究和战略性指导；争取国家重大科技项目、提高科技创新能力，在重要级别的平台的支持下引领全国的生态环境建设；创新融资方式、拓宽融资渠道，进一步发展湿地保护与生态建设创新研发能力，更好的服务社会。
环境是稀缺的资源，生态是宝贵的财富；环境支撑当代，生态成就未来。南京大学常熟生态研究院将紧紧抓住我国生态环境治理与修复的大好机遇，顺应“加快生态文明建设、促进中国经济转型”的时代潮流，为提升环境容量、削减生态赤字，打造美丽中国而服务，在建设和美湿地、缔造生态家园的大道上一路远行！
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